Arctic Fish Merge funziona con un sistema di fusione basato su griglia dove pesci congelati identici si combinano per creare specie evolute. Partendo da krill e plancton di base al livello 1, i giocatori trascinano pesci corrispondenti l'uno sull'altro per sbloccare creature artiche progressivamente più grandi. Ogni fusione riuscita genera cristalli di ghiaccio, la valuta principale utilizzata per acquistare nuovi generatori di pesci e sbloccare zone oceaniche più profonde.
Il gioco implementa un motore di progressione incrementale con 50 specie di pesci distinte che coprono 10 livelli evolutivi. Pesci di livello superiore come narvali, orche e leggendarie balene glaciali generano esponenzialmente più cristalli di ghiaccio al secondo. La griglia di fusione si espande da 4x4 a 8x8 man mano che sblocchi nuovi biomi, con ogni zona che introduce meccaniche di temperatura che influenzano i tassi di spawn e i bonus di fusione.
Generatori automatici di pesci appaiono ogni 15 secondi, rilasciando specie casuali negli spazi disponibili della griglia. Il posizionamento strategico è fondamentale perché unire tre pesci identici contemporaneamente attiva un moltiplicatore combo, aumentando la produzione di cristalli di ghiaccio del 200% per 30 secondi. L'ecosistema glaciale reagisce alle tue fusioni: completare specifiche catene di pesci sblocca eventi ambientali come potenziamenti dell'aurora boreale e sfide di deriva degli iceberg che aumentano temporaneamente la frequenza di spawn.