Arctic Fish Merge opererer med et gitterbaseret fletningssystem, hvor identiske frosne fisk kombineres for at skabe udviklede arter. Startende med grundlæggende krill og plankton på niveau 1, trækker spillere matchende fisk oven på hinanden for at låse gradvist større arktiske skabninger op. Hver vellykket fletning genererer iskrystaller, den primære valuta brugt til at købe nye fiskegeneratorer og låse dybere havzoner op.
Spillet implementerer en trinvis progressionsmotor med 50 forskellige fiskearter fordelt over 10 evolutionære niveauer. Fisk på højere niveauer som narhvaler, spækhuggere og legendariske gletsjerhvaler genererer eksponentielt flere iskrystaller per sekund. Fletningsgitteret udvides fra 4x4 til 8x8, når du låser nye biomer op, hvor hver zone introducerer temperaturmekanik, der påvirker spawning-rater og fletningsbonusser.
Automatiserede fiskegeneratorer vises hvert 15. sekund og placerer tilfældige arter på tilgængelige gitterpladser. Strategisk placering er kritisk, fordi fletning af tre identiske fisk samtidigt udløser en kombomultiplikator, der øger iskrystalproduktionen med 200% i 30 sekunder. Det gletsjermæssige økosystem reagerer på dine fletninger: gennemførelse af specifikke fiskekæder låser miljøbegivenheder op som nordlysboosts og isbjergdrift-udfordringer, der midlertidigt øger spawning-frekvensen.